Sabotin leži na robu submediteranske Slovenije, za rastlinstvo na območju pa je odločilno zlasti krajevno podnebje. Osojna pobočja nad Sočo so precej hladnejša kot prisojna nad Solkanom in na meji z Goriškimi Brdi. V dolini Soče severno od Solkana vpliv Mediterana postopoma slabi, narašča pa vpliv Julijskih Alp.

Sabotin je tako eno izmed floristično najbogatejših območij Slovenije. Leži na stiku predalpskega, submediteranskega in dinarskega fotogeografskega območja. V njegovi flori so zastopane tako srednjeevropske in južnoalpske vrste kot dinarske, submediteranske in celo mediteranske vrste.

Med prave sredozemske vrste sodi npr. črni hrast (quercus ilex) . Na osojnih pobočjih Sabotina pa rastejo tudi številne alpsko razširjene vrste- npr. lepi jeglič (Primula auricula).

Na Sabotinu je najbolj ogrožena flora kraške gmajne. Zaradi opuščene rabe (košnja, paša) je zaraščanje intenzivno. Na opuščene travnike in pašnike se širi gozdni rob. Z oživljanjem paše ali košnje bi lahko ohranili tudi rastlinske vrste, ki uspevajo izključno v travniških združbah in bodo sicer postopno izginile.